《我们的秘密》是一部悬疑校园漫画，围绕全校最受欢迎的四个女生组成的“星光小团体”展开。表面上她们是完美的闺蜜，但每个人心中都藏着一个不可告人的秘密。当一封匿名信声称“我知道你们所有人的秘密”并开始逐一揭穿她们时，四人不得不联手追查发信人，却在过程中不断互相猜忌，发现彼此的阴暗面远比想象中更深。
所有线索指向了她们最信任的班长陈晨，原来他是为了报复她们多年前对他妹妹的校园霸凌。对峙时，四人才意识到自己无意中的言行曾如何摧毁一个人。
第四个秘密被公之于众：夏婉一直与校外人员交往，维持着奢靡生活。学校论坛彻底炸锅，四人组土崩瓦解。匿名者发出最后通牒：明天将揭晓最终的“大秘密”。
第三个秘密揭晓：看似与世无争的李悠悠，一直偷偷给竞争对手下药，只为保住自己的保送名额。林曦和顾盼开始怀疑匿名者就在自己身边，甚至可能是彼此。
第二个秘密被曝光：林曦并非“完美女神”，她利用家庭背景操纵学生会选举。四人开始互相怀疑，第一次激烈争吵，曾经的友谊出现巨大裂痕。
班长转交来一封没有署名的信，信中指出“四人组”之首顾盼曾在初中时陷害过一位同学致其退学。顾盼矢口否认，但其他三人已心生芥蒂。
新学期开始，“星光小团体”以完美形象登场。但在开学典礼上，林曦收到一条神秘短信：“你们的秘密，我都知道。”她的脸色瞬间惨白，故事拉开帷幕。